Enota je razdeljena v dve skupini, in sicer za izvajanje mejne kontrole in za nadzor državne meje. Varovanje meje na morju izvaja na območju celotnega slovenskega morja, tako da ni razlike med načini in oblikami varovanja na Mejnem prehodu (v nadaljevanju MP) Koper in MP Piran.

PPOP organigram