Zgodovina posebnih enot in enot na sklic na ozemlju Slovenije sega precej daleč.

Kot zametek posebne policijske enote lahko štejemo leto 1959, ko so se začeli usposabljati izkušenejši miličniki za izvajanje posebnih nalog. Pred tem je takratni državni sekretar za notranje zadeve izdal odločbo o ustanovitvi posebne policijske enote ljudske milice za opravljanje določenih nalog (Pavle Čelik; Posebne policijske enote, 2002). 

Sledila so leta preoblikovanj, ko je bila posebna enota organizirana v različnih formacijah in pod različnimi imeni (bataljon, četa ipd.). Po letu 1971 se je posebna policijska enota izoblikovala kot formacija takratne milice in kot enota na sklic, namenjena za izvajanje različnih zahtevnih nalog milice: od vzdrževanja in vzpostavljanja javnega reda do iskanja oboroženih posameznikov in skupin, ki bi ogrožale varnost države. 

Leta 1988 je bila za izvršitev določenih uradnih nalog, zaradi varovanja ustavne ureditve ali vzdrževanja javnega reda ustanovljena Posebna enota milice Republiškega sekretariata za notranje zadeve SR Slovenije (PEM), ki je bila organizirana v dve formaciji. V prvo formacijo so bili vključeni samo aktivni miličniki, v drugo pa še rezervni miličniki. S takšno organiziranostjo je posebna enota milice izvajala naloge v akciji Sever leta 1989 in uspešno preprečila t. i. mitingaštvo in destabilizacijo Slovenije. 

V letu 1990 in v začetku leta 1991 je bila izvedena večja reorganizacija PEM. Poslej so bili vanjo vključeni samo aktivni policisti, s čimer se je znatno zmanjšalo tudi število njenih pripadnikov. V takšni organizaciji je PEM pripravljena pričakala osamosvojitveno vojno in v veliki meri na celotnem ozemlju Slovenije prispevala k zmagi nad silami Jugoslovanske ljudske armade. Za zasluge pred in med osamosvojitveno vojno je predsednik države PEM podelil Srebrni častni znak svobode Republike Slovenije. 

Po odhodu zadnjega vojaka JLA 26. oktobra 1991 je bila opravljena manjša reorganizacija in preimenovanje v Posebno enoto policije Ministrstva za notranje zadeve in kasneje v Posebno policijsko enoto (PPE), sestavljeno po formaciji I in II. Leta 1995 se je PPE priključil še sestav III, v katerega so bili vključeni policisti Gorske policijske enote (ki je bila kot Gorska enota milice ustanovljena leta 1991). 

Takšna organizacija je ostala do leta 2000, ko se je z novo odločbo o ustanovitvi PPE na novo formiral sestav I, II in III ter se je oblikovalo delo po skupinah in oddelkih PPE po posameznih policijskih upravah.

Sprememba ustanovitvene odločbe PPE je leta 2008 enoti dodala še sestav IV – Enoto policijskih specialnosti, v kateri so bili policisti vozniki specialnih vozil. Sprememba odločbe o ustanovitvi leta 2011 je bila opravljena zaradi združevanja policijskih uprav; posledično se je iz enajstih PPE PU formiralo osem PPE PU in poenotilo število policistov v sestavu I in II. Veljavna odločba o ustanovitvi iz leta 2013 pa je podrobneje uredila pogoje za vstop in izstop iz enote ter oblikovala PPE sestav IV v dva oddelka, in sicer v oddelek policistov voznikov specialnih vozil ter v oddelek ostrostrelcev. 

Leta 2020 je bila novelirana Odločba o ustanovitvi PPE. Bistvene novosti so bile na področju organiziranosti enote, izjem pri aktiviranju enote, sprememb pri vstopu v PPE in pri prenehanju oziroma izstopu iz enote.